Wenn dein Spannungsregler ungefähr gleichen Stromverbrauch hat (Is), würde ich versuchen den gesamten Strom von dem Spannungsregler in GND Leitung messen und Is vom ADC Ergebnis abziehen. Es wird natürlich nicht so genau, aber sicher einfacher sein (siehe Code). Für die negativen Spannungen am Shunt brauchst du "bloss" einen verstärkenden Messgleichrichter (siehe zweiten Code). Falls du den "-" Zeichen nicht brauchst, kannst du den Transistor mit allen dazugehörigen Bauteilen weglassen. 
Code:
.----------.
|Spannungs-|
>-----| |--->
| regler |
'----------'
||
Shunt ||Is
___ |V
>---+-|___|-+-------->
| |
| ===
| GND
V
ADC
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Code:
GND
===
|
.-.
2R| |
| |
R '-' 2(Ku-1)R
___ | ___
+--|___|----+ +--|___|---+
| | | VCC |
| VCC | | + |
R | + | | |\| |
___ | |\| | +-|-\ D |
>----|___|-+-|-\ D | | >-->|-+--->
| >-+->|-+----------|+/
+-|+/ | |/|
| |/| | VCC vom -
.-. - | + µC VCC
| | VCC | |
R/2 | | .-. .-.
'-' | | | |
| R| | | |R
=== '-' '-'
GND | |
| +----->"-"
| |
D | |/
+->|-+---| T
| |>
=== |
GND ===
GND
Ku=Spannungsverstärkung des Gleichrichters, R=10k
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