Die gezeigte Warnung hat rein gar nichts mit F_CPU zu tun, oder damit, ob es vor oder nach dem Inkludieren von delay.h definiert wird.
Und wenn die falsche Reihenfolge ein richtiges Blinken ergibt, und die richtige Reihenfolge ein falsches, dann würde ich mich fragen, ob der XMega überhaupt mit dem gedachten Takt läuft.